
อิคาริ ชินจิยังคงขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 01 เพื่อสู้กับเทวทูตต่อไป แต่คราวนี้เขาไม่ได้สู้เพียงลำพังเหมือนแต่ก่อนอีกแล้ว อายานามิ เรย์ขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 00 และชิกินามิ อาสึกะ แลงเล่ย์ขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 02 เพื่อเข้าต่อสู้กับพวกเทวทูตด้วยอีกแรง และยังมีเด็กสาวปริศนา มากินามิ มาริ อิลัสเทรียส ผู้ขับอีวานเกเลี่ยนเครื่อง 05 เข้ามาเกี่ยวข้องด้วย